Klasztor w Lublinie powstał w 1610 roku jako drugi na ziemiach polskich. Przeznaczony został na dom studiów filozoficzno-teologicznych. Nosił tytuł Matki Bożej Szkaplerznej i mieścił się przy Krakowskim Przedmieściu. Po jego zniszczeniu przez pożar w 1803 roku zakonnicy, za zgodą władz austriackich, przeprowadzili się w roku 1807 do należącego do karmelitanek bosych klasztoru pod wezwaniem św. Józefa. Siostry przeniosły się do drugiego karmelitańskiego klasztoru pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Pomimo kasaty klasztoru karmelitów bosych po Powstaniu Styczniowym duszpasterstwo przy kościele było kontynuowane. Zakon odzyskał kościół i część klasztoru w roku 1918, a następnie w roku 1945.

Obecnie w klasztorze mieści się postulat Krakowskiej Prowincji Zakonu Karmelitów Bosych.